製造業の経理担当者にとって、仕入税額控除は「対象になる仕入れの幅が広く、判断に迷う」税務のひとつではないでしょうか。原材料や部品はもちろん、外注加工費や機械設備の購入、工場の光熱費まで、控除の対象になりうる支出は多岐にわたります。しかも取引先には免税事業者の下請けや一人親方が混じり、拠点も分かれていることが少なくありません。

→ダウンロード：請求書電子化で「ミスなく」月次決算を実現できる理由とは？3つのメリットをご紹介

仕組み自体は他業種と同じで、売上で預かった消費税から仕入れ・経費で支払った消費税を差し引いて納税します。ただ製造業には、設備投資や輸出で消費税が還付されたり、簡易課税なら第3種事業としてみなし仕入率70%が使えたりと、業種特有の判断が利益と資金繰りを左右する場面も少なくありません。ここを押さえているかどうかで、納税額の精度は大きく変わってきます。

本記事では、製造業で控除の対象になる仕入れ、インボイス制度と経過措置、原則課税と簡易課税の選び方、設備投資や輸出での還付までを、国税庁の一次情報をもとに整理します。仕入税額控除そのものの定義や計算式の詳細は、次の基礎記事にまとめています。あわせてご覧ください。

製造業における仕入税額控除の基本

製造業における仕入税額控除とは、製品を売って預かった消費税から、原材料や外注加工費、設備の購入などで支払った消費税を差し引いて納税額を計算する仕組みです。原材料を仕入れ、加工し、製品として販売する過程では、各段階で消費税が上乗せされていきます。仕入税額控除は、この積み重なった消費税の二重課税を取り除く役割を担っています。

製造業は他業種に比べて仕入れの種類が多く、材料費から設備、外注、工場の維持費まで幅広く消費税を負担します。そのぶん、どこまでが控除の対象になるかを正しくつかめているかどうかが、納税額の精度に直結します。まずは対象になる仕入れと、対象にならない支出を切り分けるところから確認していきましょう。

製造業で控除の対象になる仕入れ

製造業で仕入税額控除の対象になるのは、事業のために他の事業者から受けた課税仕入れです。ここでいう課税仕入れとは、消費税が課される取引で仕入れた資産や、受けたサービスを指します。材料費だけでなく、外注加工費や工場の光熱費まで幅広く含まれる点が製造業の特徴です。代表的なものを整理します。

▼ 製造業で仕入税額控除の対象になる主な課税仕入れ（国税庁No.6451をもとに整理）

区分	製造業での具体例
原材料・部品	鋼材・樹脂・電子部品・副資材・消耗工具など製造に使う仕入れ
外注費	外注加工費、検査・運送・保守などの委託料、荷造運賃
設備・資産	機械設備・車両・器具備品の購入、リース料・レンタル料
工場の維持費	修繕費・保守点検費、水道光熱費、通信費、消耗品費

見落とされやすいのが、材料費以外の課税仕入れです。外注先に加工を委託したときの外注加工費、検査や運送を外部に頼んだときの委託料、工場で使う電気やガスといった水道光熱費も、課税仕入れであれば控除の対象になります。機械をリースで導入した場合のリース料も同様です。材料費だけを対象と考えていると、控除できるはずの消費税を取りこぼしかねません。

なお、控除の対象になる時期は、原則として仕入れた資産の引渡しを受けた日や、サービスの提供を受けた日を含む課税期間です。前払いした時点ではなく、実際にモノやサービスを受け取った時点で計上する点に注意しておきましょう。

出典：国税庁 タックスアンサーNo.6451「仕入税額控除の対象となるもの」をもとに作成（最終確認日：2026年7月17日）

対象にならない支出

一方で、消費税がかからない支出は仕入税額控除の対象になりません。従業員に支払う給与や賞与、日本の消費税がかからない国外取引、土地の購入や利子・保険料などの非課税取引が代表例です。これらは支払っても消費税を負担していないため、控除する消費税がそもそも存在しません。

製造業でとくに混同しやすいのが、外注費と給与の区別です。同じ「人に作業してもらう」でも、請負契約にもとづく外注加工費は課税仕入れになりますが、雇用契約にもとづく給与は課税仕入れになりません。判断に迷うときは、その支払いが請負なのか雇用なのか、指揮命令の関係や報酬の決め方から見極めます。控除の対象になるかどうかは、その支出に消費税が課されているかで判断します。 迷ったら「相手が消費税を受け取っているか」を起点に考えると整理しやすいでしょう。

製造業の仕入税額控除とインボイス制度・経過措置

インボイス制度が始まって以降は、適格請求書（インボイス）を保存していないと仕入税額控除を受けられません。そして2026年10月に、免税事業者からの仕入れにかかる経過措置の控除割合が80%から70%へ切り替わります。免税事業者の下請けや一人親方を取引先に多く抱える製造業ほど、この切り替えの影響を強く受けることになります。ここでは保存要件と経過措置、そして多拠点での管理を順に見ていきましょう。

適格請求書と帳簿の保存が控除の要件

仕入税額控除の適用には、原則として適格請求書と帳簿の両方を保存しておくことが要件になります。適格請求書は、登録番号や適用税率、税率ごとに区分した消費税額などが記載された請求書で、税務署に登録した適格請求書発行事業者だけが発行できます。帳簿にも、取引の相手方や年月日、内容、金額を記録して保存しておく必要があります。

製造業は仕入先や外注先が多く、受け取る書類の枚数も膨大になりがちです。要件を満たした請求書を1枚でも取りこぼすと、その取引分は控除できなくなります。紙とデータが混在した状態で保存要件を満たし続けるには、受領した請求書を確実に集めて保管できる仕組みが欠かせません。

免税事業者からの仕入れと経過措置

免税事業者など適格請求書を発行できない取引先からの仕入れは、原則として控除の対象になりません。ただし急な負担増を避けるため、一定割合を控除できる経過措置が用意されています。割合は次のように段階的に縮小していきます。

免税事業者などインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れは、2023年10月1日から2026年9月30日までは仕入税額相当額の80%、2026年10月1日から2028年9月30日までは70%、2028年10月1日から2030年9月30日までは50%、2030年10月1日から2031年9月30日までは30%を控除できます。2031年10月1日以降は、原則として仕入税額控除を受けられません。80%を控除できるのは2026年9月30日までです。

出典：国税庁「令和8年度税制改正特集 インボイス経過措置の見直し等」（最終確認日：2026年7月17日）

経過措置を受けるには、帳簿に「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」を記載し、区分記載請求書などを保存しておく必要があります。加えて、税込1万円未満の少額な課税仕入れは、一定の要件を満たす事業者であれば帳簿の保存だけで控除できる少額特例もあります。少額の消耗品や部品を数多く仕入れる製造現場では、この特例が実務の負担を軽くしてくれるでしょう。

一人親方や小規模な加工業者へ外注することが多い製造業では、外注先が適格請求書発行事業者に登録済みかどうかで控除できる金額が変わってきます。2026年10月の切り替えを前に、どの取引先が経過措置の対象なのかを整理しておくと、控除額の見積もりにも価格交渉にも備えられます。

出典：国税庁「令和8年度税制改正特集 インボイス経過措置の見直し等」をもとに作成（最終確認日：2026年7月17日）

多拠点・多数の取引先で登録状況を管理する

工場や支店が分かれている製造業では、請求書がどこに届いたかを把握するだけでもひと苦労です。実際に「どこに請求書が届いたか各方面へ電話で催促している」「紙やPDFなど色々な形で届いて処理がばらつく」といった声は、製造業の経理現場で珍しくありません。受領した請求書が拠点ごとにバラバラだと、仕入先が適格請求書を発行できるかの確認も、経過措置の対象の判別も後手に回りがちです。

取引先の登録状況は、受け取った請求書に記載された登録番号で確認できます。まずは主要な仕入先・外注先について登録の有無を棚卸しし、免税事業者との取引を洗い出しておくと、控除額の試算と2026年10月の切り替え対応がスムーズになります。棚卸しの結果は一覧にして、拠点をまたいで共有できる状態にしておくと安心です。

この受領と管理を手作業で回すのは、取引先が多い製造業ほど大きな負担です。TOKIUMインボイスは、紙・PDF・メール・取引先システムからのダウンロードまで、あらゆる形式の請求書を代行受領して電子化します。 拠点ごとに分散していた受領を1か所に集約し、登録状況の確認や保存を一元化する体制づくりを後押しします。

TOKIUMインボイスはJIIMA認証を取得済みで、タイムスタンプの付与により電子帳簿保存法に対応しています。受け取った請求書を電子化して保存できるため、適格請求書の保存という控除の要件にも対応しやすくなります。 出典：TOKIUMインボイス公式（最終確認日：2026年7月17日）

製造業の仕入税額控除は原則課税と簡易課税どちらが有利か

製造業の消費税は、原則課税と簡易課税のどちらを選ぶかで納税額が大きく変わります。設備投資や輸出が多い年は原則課税で還付を受けられることがあり、仕入れが安定している事業者は簡易課税のほうが手間も納税額も抑えられることがあります。どちらが有利かは事業の状況によって変わるため、まず自社がどちらを選べるかと、それぞれの計算の考え方を押さえておきましょう。

簡易課税の第3種事業とみなし仕入率70%

簡易課税制度は、基準期間の課税売上高で判定し、5,000万円以下であれば選べる計算方法です。実際の仕入れを集計するのではなく、売上の消費税額に業種ごとのみなし仕入率を掛けて控除額を計算します。製造業は第3種事業に該当し、みなし仕入率は70%です。 自社で製造した棚卸資産を小売する事業も、第3種に含まれます。仕入れにかかる消費税を1件ずつ集計しなくてよいぶん、経理の手間は大きく軽くなります。

簡易課税を適用するには、対象となる課税期間の初日の前日までに、税務署へ消費税簡易課税制度選択届出書を提出しておく必要があります。いったん選ぶと原則として2年間は継続する点にも注意が必要です。翌期に大きな設備投資を予定しているなら、簡易課税を選ぶと還付を受けられなくなることがあるため、届出のタイミングは慎重に判断しましょう。

製造問屋・下請けの事業区分

自社で主要な原材料を仕入れ、それを下請けに加工させて完成品にする、いわゆる製造問屋は第3種事業として扱われます。加工そのものを外部に任せていても、主要な原材料を自社で調達している点が第3種と判断される理由です。たとえば自社ブランドの製品を企画し、材料を手配したうえで加工だけ外注する形態は、丸投げに見えても第3種にあたります。

一方、自分では原材料を持たず、取引先から支給された材料に加工を施して加工賃を受け取る賃加工は、役務の提供にあたり第4種事業となります。第4種のみなし仕入率は第3種と異なるため、同じ「製造」でも納税額が変わってきます。判断の分かれ目は、主要な原材料を自社で調達しているかどうかです。 複数の形態が混在する場合は、事業ごとに区分して判定する必要があるため、自社の取引がどちらにあたるかを一度整理しておくとよいでしょう。

設備投資・輸出がある年の還付

大きな設備投資をした年や、輸出の割合が高い事業者は、原則課税を選ぶと消費税が還付されることがあります。原則課税は実際に支払った消費税を控除するため、機械の導入などで支払った消費税が売上の消費税を上回ると、その差額の還付を受けられます。工場の新設や生産ラインの入れ替えを予定している年は、還付の可能性を織り込んで資金計画を立てておきたいところです。

輸出取引の消費税は免税されます。国内で仕入れた原材料や設備の消費税は控除できる一方で、輸出売上には消費税が乗らないため、輸出中心の工場では控除額が売上の消費税を上回りやすく、還付が生じやすくなります。ただし還付を受けるには、課税事業者として原則課税で申告し、輸出免税を証明する書類を保存しておくことが前提です。簡易課税を選んでいるとみなし仕入率で控除額が決まるため、こうした還付は受けられません。設備投資や輸出の計画がある年は、原則課税と簡易課税のどちらが有利かを事前に試算しておくと安心でしょう。

簡易課税と原則課税で納税額はどう変わるか

有利かどうかは、実際の仕入れ割合がみなし仕入率70%を上回るかどうかで決まります。簡単な例で確かめてみましょう。課税売上高4,000万円で、売上とともに受け取った消費税が400万円の製造業者を考えます。

▼ 課税売上高4,000万円の製造業者の試算例（消費税率10%・説明用の概算）

計算方法	控除できる消費税	納める消費税
原則課税（実際の課税仕入れ2,600万円・消費税260万円）	260万円	140万円
簡易課税（第3種・みなし仕入率70%）	280万円（400万円×70%）	120万円

この例では、実際の仕入れ割合が売上の65%（2,600万円÷4,000万円）で、みなし仕入率70%を下回っている計算です。そのため簡易課税のほうが控除額が大きくなり、納税額は20万円少なく済みます。実際の仕入れ割合がみなし仕入率70%を下回るなら簡易課税、上回るなら原則課税が有利になりやすい、という見当がつきます。ただし設備投資で仕入れが一気に増える年は、原則課税でないと還付を受けられない点に注意が必要です。

出典：国税庁 タックスアンサーNo.6509「簡易課税制度の事業区分」等をもとに作成（最終確認日：2026年7月17日）

仕入税額控除の計算方法の概要

原則課税では、その期の課税売上高がいくらか、そして課税売上割合が何％かによって計算方法が分かれます。課税売上割合とは、売上全体のうち消費税がかかる売上がどの程度あるかを示す割合のことです。課税仕入れの消費税を全額控除できるのは、その期の課税売上高が5億円以下かつ課税売上割合が95%以上のときです。この条件を満たせない場合には、個別対応方式・一括比例配分方式のどちらかを選んで計算する必要があります。

輸出免税の売上がある製造業では、課税売上割合の計算に輸出売上が含まれるため、控除できる金額にも影響します。それぞれの計算式や具体的な数値例は、基礎から解説した次の記事にまとめています。計算の詳細を確認したい方はあわせてご覧ください。

製造業の仕入税額控除でよくある失敗と注意点

製造業の仕入税額控除では、取引先の登録状況の確認漏れや、事業区分の取り違えといったミスが起きがちです。控除額のずれは納税額や資金繰りに直結するため、つまずきやすい点をあらかじめ押さえておきましょう。よくある失敗を整理します。

▼ 製造業の仕入税額控除でよくある失敗と注意点

よくある失敗	注意点
免税事業者からの仕入れを全額控除してしまう	経過措置の対象は一定割合のみ。2026年10月からは70%に縮小する
外注加工費と給与を混同する	雇用契約の給与は課税仕入れにならない。外注は請負かどうかで判断する
簡易課税の事業区分を誤る	材料を自社調達すれば第3種、加工賃のみなら第4種でみなし仕入率が変わる
適格請求書の保存が漏れる	要件を満たす請求書を保存していないと控除できない

とりわけ多いのが、免税事業者からの仕入れをそのまま全額控除してしまうミスです。経過措置の割合を取り違えると、控除額がずれて納税額の誤りにつながります。仕入先が適格請求書発行事業者に登録済みかを最新の状態で管理しておくことが、この失敗を防ぐいちばんの近道になります。

事業区分の取り違えも見逃せません。材料を自社で調達しているのに第4種で計算していたり、逆に賃加工なのに第3種で申告していたりすると、みなし仕入率が変わって納税額に差が出ます。取引の実態が「材料を自社調達しているか」を軸に、事業区分を毎期見直すことが大切です。 取引形態が増えたときは、区分の再確認を忘れないようにしましょう。

製造業のインボイス受領・管理を効率化する

製造業の仕入税額控除への対応は、突き詰めると「適格請求書をどれだけ正確に受け取り、保存できるか」に行き着きます。仕入先や外注先が多く、拠点も分かれている製造業では、この受領と保存の負担がとりわけ大きくなります。逆に言えば、ここを自動化できれば、経過措置の管理も控除額の把握もぐっと進めやすくなるということです。

TOKIUMインボイスは、あらゆる形式の請求書を代わりに受け取って電子化する請求書受領クラウドです。紙で郵送される請求書も、メールに添付されたPDFやZipファイルも、取引先のシステムからダウンロードする請求書も、まとめて受領してデータ化します。取引先への送付先の変更連絡も代行するため、これまで拠点ごとに分散していた請求書を1か所に集約できます。

受け取った請求書はJIIMA認証済みの仕組みで電子化され、タイムスタンプの付与により電子帳簿保存法に対応します。AIが明細や仕訳を自動で入力し、使うほど精度が高まる仕組みです。適格請求書の保存という仕入税額控除の要件に、拠点をまたいで対応しやすくなります。 出典：TOKIUMインボイス公式（最終確認日：2026年7月17日）

紙とPDFが混在する請求書を形式を問わず電子化し、拠点横断で一元管理できれば、免税事業者との取引の洗い出しも、経過措置に沿った控除額の把握も進めやすくなります。受領から保存までの手間を減らしたい製造業にとって、検討する価値のある選択肢といえるでしょう。

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製造業の仕入税額控除は、原材料や外注加工費、設備投資まで対象が広く、簡易課税の第3種（みなし仕入率70%）と原則課税の選び方や、設備投資・輸出での還付といった業種特有の判断が納税額を左右します。そして2026年10月には、免税事業者からの仕入れにかかる経過措置が80%から70%へと切り替わる点も見逃せません。取引先の登録状況を早めに整理し、適格請求書を漏れなく受領・保存できる体制を整えておくことが、控除額を正しく確保する土台になります。

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