製造業は、部品や原材料の仕入れ、外注加工など取引先の数が多く、その中に免税事業者（消費税の納税義務が免除された小規模な事業者）が混ざりやすい業種です。インボイス制度では、仕入れ先が適格請求書を出せるかどうかで自社の消費税負担が変わります。2026年10月には、免税事業者からの仕入れで認められる控除の割合が80%から70%へ下がります。

→ダウンロード：インボイス制度開始後も安心！適格請求書の受領/確認/保存のポイント

本記事では、外注・免税事業者との付き合い方、原則課税と簡易課税の選び方、下請法で気をつけたい点、そして増える一方の請求書処理をどう効率化するかまで、製造業の現場目線で整理します。

製造業がインボイス制度で受ける影響

製造業がインボイス制度で最も影響を受けるのは、免税事業者からの仕入れです。理由は、多数の外注先や部品メーカーとの取引の中に、適格請求書を発行できない小規模事業者が含まれやすいからです。制度の全体像は別記事にゆずり、ここでは製造業に効く論点だけを押さえます。

仕入税額控除と適格請求書の関係

適格請求書とは、登録番号や税率ごとの消費税額などを記載した請求書のことです。買い手が仕入れにかかった消費税を差し引く仕入税額控除を受けるには、原則としてこの適格請求書を受け取り、保存しておく必要があります。裏を返すと、仕入れ先が適格請求書を出せない場合、その仕入れ分は控除できず、自社の納税額がその分だけ増えます。

製造業が特に影響を受ける理由

製造業は、材料メーカーから町工場、一人親方の職人まで、ピラミッド状に多くの取引先を抱えます。地方の工場では、周辺の小規模事業者へ軽微な加工や組み立てを頼む場面も多く、その相手が免税事業者のままというケースは珍しくありません。取引先が多いほど登録状況の確認先も増え、経理の手間と控除できない仕入れの両方がふくらみます。工場や支店ごとに請求書の届き方がバラバラで、どこに何が届いたか把握しづらいのも製造業ならではの悩みです。

ここまでは仕入れ側（買い手）の影響ですが、製造業は自社が販売する売り手の立場でも影響を受けます。取引先から適格請求書の発行を求められ、登録しなければ取引の縮小や単価の見直しを持ちかけられることがある一方、登録すれば課税事業者として消費税の納税義務が生じます。買い手・売り手の両面で、取引先の登録状況と自社の登録要否を整理しておくことが欠かせません。

インボイスの経過措置と2026年10月の変更点

免税事業者からの仕入れには、当面は一定割合を控除できる経過措置があります。ただしこの割合は段階的に下がり、2026年10月からは控除できる割合が80%から70%に縮小します。多くの免税事業者と取引する製造業にとって、今がまさに取引条件を見直すタイミングです。

控除できる割合はいつ、どこまで下がるのか

免税事業者からの仕入れで控除できる割合は、次のように段階的に移り変わります。2031年10月以降は経過措置が終わり、適格請求書がなければ控除できなくなります。

▼ 免税事業者等からの仕入れに係る経過措置（国税庁の公表情報をもとに整理）

期間	免税事業者からの仕入れで控除できる割合
2023年10月〜2026年9月	仕入税額相当額の80%
2026年10月〜2028年9月	仕入税額相当額の70%
2028年10月〜2030年9月	仕入税額相当額の50%
2030年10月〜2031年9月	仕入税額相当額の30%
2031年10月以降	控除不可（適格請求書の保存が必要）

経過措置で控除できる割合は、2026年9月末までが80%、2026年10月から2028年9月末までが70%、2028年10月から2030年9月末までが50%、2030年10月から2031年9月末までが30%と段階的に下がり、2031年10月以降は適格請求書がなければ控除できない扱いです。この控除割合は税制改正で見直され、経過措置の終了は2031年9月末まで延長されています。 出典：国税庁「インボイス制度に関するQ&A」問113（最終確認日：2026年7月17日）

なお、この経過措置による控除を受けるには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等を保存したうえで、帳簿に「80%控除対象」など経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載しておく必要があります。相手が免税事業者でも、請求書と帳簿の要件を満たさなければ控除できない点に注意します。なお、2026年10月以後に始まる課税期間では、1つの免税事業者からの経過措置の対象となる仕入れが年1億円（税込）を超えると、その超えた部分は経過措置の対象外になります。 出典：国税庁「インボイス制度に関するQ&A」問113（最終確認日：2026年7月17日）

値引き交渉で損益が変わる分岐点

免税事業者との取引で「価格をどうするか」を考えるときの目安になるのが、控除できない分の負担です。消費税率10%の取引では、控除割合が80%の期間は控除できない分がおよそ2%、70%に下がるとおよそ3%が自社の追加負担になります。2026年10月に負担がおよそ2%から3%へ広がり、その後の段階的な縮小でさらに増えていくため、取引条件の見直しを検討する会社が増えています。ただし、この負担を理由に一方的な値下げを求めるのは避けなければなりません。詳しくは後述の下請法の項で説明します。

製造業のインボイス対応で外注費・免税事業者をどう扱うか

製造業のインボイス対応でまず整理したいのが、外注加工費や部品仕入れの相手が適格請求書を出せるかどうかです。相手の立場や取引の形によって扱いが変わるため、順番に見ていきます。

一人親方や小規模事業者への外注加工費

外注先の一人親方や小規模な加工業者が免税事業者のままだと、その外注費は適格請求書がなく、経過措置の範囲でしか控除できません。月々の外注加工費が大きいほど、控除できない分の負担も積み上がります。まずは主要な外注先が登録事業者かどうかを確認し、登録の有無で処理が変わることを社内の担当者間で共有しておくと、支払い時の混乱を防げます。

有償支給・無償支給での適格請求書の扱い

有償支給とは、発注元が材料を外注先に有償で売り渡し、加工後に製品として買い戻す取引です。無償支給は、材料の所有権を移さずに預けて加工だけを頼む取引を指します。有償支給では材料の売り渡しと製品の買い戻しがそれぞれ課税取引になり、適格請求書のやり取りが必要になります。一方の無償支給は材料の売買が発生しないため、加工賃の部分について適格請求書を確認します。支給の形で消費税の扱いが変わるので、契約や伝票がどちらの形になっているかを取引ごとに確かめておくと安心です。

とくに外注先が免税事業者の場合、有償支給では買い戻す製品の代金全体（材料費相当分を含む）が控除できない負担の対象になりやすく、加工賃だけの無償支給より負担が大きくなることがあります。どちらの形にするかで負担額が変わるため、免税事業者との取引では支給の方法もあわせて検討します。ただし、具体的な税務上の扱いは取引実態で判断が分かれるため、顧問税理士にも確認しておくと安心です。

取引先の登録状況を棚卸しする方法

取引先が登録済みの適格請求書発行事業者かは、国税庁の公表サイトで登録番号を検索して確かめられます。ただし製造業のように仕入れ先が数百社にのぼる場合、1件ずつ目視で照合するのは現実的ではありません。まず取引金額の大きい主要先から棚卸しを始め、登録番号の確認を日々の請求書処理の中に組み込む形にすると、抜け漏れを防ぎやすくなります。大量の確認をどう仕組み化するかは、後半の効率化の項であらためて触れます。

製造業のインボイス対応で選ぶ消費税の計算方式

製造業のインボイス対応では、消費税の計算を原則課税と簡易課税のどちらで行うかも大きな分かれ目です。理由は、自社が輸出中心か国内販売中心か、材料費と人件費のどちらが重いかで、有利な方式が変わるからです。ここは自社の納税額に直結するので、経理だけでなく経営判断として押さえておきたい部分です。

簡易課税の事業区分とみなし仕入率

簡易課税制度は、前々年（法人は前々事業年度）の課税売上高で見て、5,000万円以下なら選べる計算方法です。実際に払った仕入れの消費税ではなく、業種ごとに決まったみなし仕入率で納税額を出します。製造業でよく問われるのが、第3種と第4種の違いです。材料を自社で仕入れて製造・加工し販売する場合は第3種でみなし仕入率70%、材料の支給を受けて加工賃を受け取る下請け加工は第4種でみなし仕入率60%が基本です。同じ「加工」でも取引の形で区分が変わる点に注意します。

▼ 製造業に関係する簡易課税の事業区分（国税庁 No.6509をもとに整理）

事業区分	製造業での主な取引	みなし仕入率
第3種	材料を仕入れて製造・加工して販売（製造小売を含む）	70%
第4種	材料の支給を受けて加工賃を受け取る加工	60%

簡易課税では、製造業（製造小売を含む）は第3種事業でみなし仕入率70%、加工賃などの役務提供で第3種から外れるものは第4種事業でみなし仕入率60%と定められています。 出典：国税庁 No.6509 簡易課税制度の事業区分（最終確認日：2026年7月17日）

製造と加工賃の両方を手がけるなど、複数の事業区分が混在する場合は、原則として取引を事業区分ごとに分けて、それぞれのみなし仕入率で計算します。区分できないと不利な（低い）みなし仕入率が適用されることがあり、逆に1種類の事業で課税売上高の75%以上を占める場合は、その事業のみなし仕入率を全体に適用できる特例もあります。 出典：国税庁 No.6505 簡易課税制度（最終確認日：2026年7月17日）

輸出メーカーは原則課税で還付を受けられる

海外への輸出が多い製造業では、消費税の計算方式が還付に直結します。輸出取引は消費税がかからない免税取引ですが、国内で原材料や設備を仕入れたときに払った消費税は、適格請求書を保存していれば控除や還付の対象になります。ここで大事なのが計算方式です。輸出にかかる消費税の還付を受けるには、簡易課税ではなく原則課税を選んでいる必要があります。簡易課税はみなし仕入率で計算するため、実際に払った仕入れの消費税を還付として取り戻せません。輸出比率の高いメーカーが安易に簡易課税を選ぶと、本来受けられる還付を逃すことがあります。

自社に有利なのはどちらか

どちらが有利かは、仕入れの構造で見分けます。人件費の比率が高い加工中心の会社は、実際の仕入れが少なくみなし仕入率のほうが有利になりやすいため簡易課税が向きます。反対に、材料費や設備投資の比率が高い装置産業は、実際に払う仕入れの消費税が大きく、原則課税が有利になる傾向です。輸出メーカーは還付を受けるため原則課税が基本になります。自社がどのタイプかを一度整理してから、方式を選ぶと失敗が少なくなります。

方式を選ぶ際は、届出のルールにも注意が必要です。簡易課税を使うには、適用したい課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出する必要があり、いったん選ぶと原則として2年間は原則課税に戻せません。大型の設備投資や輸出の増加で還付を受けたい年に簡易課税のままだと、その還付を逃してしまいます。投資や輸出の計画とあわせて、早めに方式を決めておくことが大切です。 出典：国税庁 No.6505 簡易課税制度（最終確認日：2026年7月17日）

製造業のインボイス対応で避けたい下請法・独占禁止法違反

免税事業者との取引で負担が増えるからといって、してはいけない対応があります。相手が免税だからという理由で一方的に値下げを迫ったり取引をやめたりすると、下請法や独占禁止法にふれるおそれがあります。製造業は下請取引が多いだけに、この線引きを知らないとトラブルにつながりかねません。

一方的な値下げや取引停止は問題になる

公正取引委員会の示す考え方では、仕入れ側が取引上の優越的な立場を利用して、免税事業者に不当な不利益を与える行為が問題とされています。たとえば、控除できない分を埋め合わせようと、仕入れ時に払っていた消費税分すら賄えない価格を一方的に決めること。発注時に取り決めた代金を後から減らすこと。登録しないことを盾に受領を拒んだり取引を打ち切ったりすること。こうした対応が挙げられます。免税事業者が要請に応じて課税事業者へ切り替えた際に、増える納税分を話し合わずに価格を据え置くのも問題になり得ます。価格の見直しは、双方が納得して合意することが前提です。

仕入れで控除ができない点を盾に、免税事業者へ一方的に著しく低い価格を押し付けたり取引をやめたりする行為は、独占禁止法でいう優越的地位の濫用にあたるおそれがあると示されています。 出典：公正取引委員会「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（最終確認日：2026年7月17日）

また、製造委託などで自社が「委託事業者（従来の親事業者）」に当たる取引では、下請法による規制も受けます。下請法は2026年1月の改正で名称が「取適法」に変わり、従来の資本金基準に加えて従業員基準（300人・100人）も適用対象の判定に加わりました。買いたたき、発注後の代金の減額、正当な理由のない受領拒否などは引き続き禁止で、免税事業者への一方的なしわ寄せは避ける必要があります。材料を有償支給している場合に、その材料代を加工賃の支払いより早く回収する行為も禁止の対象です。 出典：公正取引委員会・中小企業庁「2026年1月から『下請法』は『取適法』へ」（最終確認日：2026年7月17日）

製造業のインボイス対応を進める実務ステップ

ここまでの内容を、実際に進める順番に落とし込みます。製造業のインボイス対応は、取引先の棚卸しから始めて、確認、社内フローとシステムの見直しへと進めるのが基本です。

▼ 製造業のインボイス対応 実務ステップ

ステップ	やること	ポイント
1｜取引先の棚卸し	仕入れ先・外注先を洗い出し、免税か課税かを仕分ける	取引金額の大きい主要先から着手する
2｜登録番号の確認	公表サイトで登録番号を照合し、控除の可否を把握する	件数が多いほど確認の仕組み化が必要
3｜取引条件の見直し	経過措置の縮小を踏まえ、必要なら双方合意で条件を調整	一方的な値下げは下請法（取適法）・独禁法上NG
4｜社内フロー・システムの整備	受領から支払いまでの流れを見直し、処理を効率化する	多拠点の請求書を集約できる形にする

製造業のインボイス対応で増える請求書処理を効率化する方法

インボイス制度で製造業の経理が一番つらいのは、登録番号の確認と請求書処理の量が一気に増えることです。取引先が多いほど、届く請求書の形式も紙・PDF・取引先サイトのダウンロードとバラバラで、目視の確認では追いつきません。ここを仕組みで解くと、負担を大きく減らせます。

登録番号の確認と受領・電子保存をまとめる

請求書の受領から登録番号の確認、電子保存までを1つの流れにまとめると、経理の確認作業を大きく減らせます。届いた請求書をその都度データ化し、登録番号を自動で照合しておけば、支払いのたびに公表サイトを1件ずつ引く手間がなくなります。電子帳簿保存法に対応した形で保存しておけば、原本の管理や検索の負担も軽くなります。

TOKIUMインボイスは、紙で郵送される請求書もメール添付のPDFも、取引先システムからダウンロードする請求書も、形式を問わず受領してデータ化を代行します。インボイス制度の登録番号確認も自動で行い、電子帳簿保存法はJIIMA認証を取得済みです。承認済みのデータは会計システムに取り込める形で出力でき、月初は土日祝日も稼働するため、月次決算の早期化にもつながります。

TOKIUMインボイスは、紙・PDF・取引先サイトからのダウンロードなどあらゆる請求書の受領とデータ化を代行し、インボイスの登録番号確認を自動で行います。電子帳簿保存法はJIIMA認証を取得しています。 出典：TOKIUMインボイス サービスサイト（最終確認日：2026年7月17日）

明細や仕訳の入力もAIが候補を出す

製造業の請求書は、部品や資材の品目が多く、1枚あたりの明細行も膨らみがちです。受け取った請求書のデータ化に続けて、TOKIUMインボイスに組み込まれたAI明細入力が、仕入れ先ごとに設定したルールをもとに摘要・勘定科目・部門・税区分などの候補を自動で埋めます。担当者はゼロから転記するのではなく、埋まった候補を確認するところから作業を始められます。品名から勘定科目への読み替えや部門ごとの按分といった、自社ならではの処理もルールとして持たせられるため、明細の量が多い製造業ほど入力の手間を減らせます。修正した内容は次回以降の入力に反映され、使うほど自社の請求書に合っていきます。

TOKIUMインボイスでは、AI明細と仕訳が自動入力され、ユーザーの修正内容を学習して使うほど精度が高まります。 出典：TOKIUMインボイス サービスサイト（最終確認日：2026年7月17日）

多拠点・工場に届く請求書を本社で集約する

工場や支店ごとに請求書が届く製造業では、「どこに何が届いたか分からない」という状態が起きがちです。受領の窓口を1つにまとめ、全拠点の請求書を本社で見える形にすると、所在を電話で追いかける手間がなくなります。届いた請求書を一元管理できれば、拠点をまたいだ支払い漏れや二重支払いの防止にもつながります。

TOKIUMシリーズの累計導入社数は、2025年11月末時点で3,000社を突破しています。 出典：株式会社TOKIUM プレスリリース（2025年12月4日）（最終確認日：2026年7月17日）

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製造業のインボイス対応ならTOKIUMインボイス

製造業のインボイス対応は、免税事業者との取引の見直し、原則課税か簡易課税かの選択、下請法（取適法）を踏まえた価格交渉の3つが軸です。2026年10月に経過措置の控除割合が80%から70%へ下がり、その後も段階的に縮小するため、まずは主要な取引先の登録状況を棚卸しし、外注加工費や有償支給・無償支給の扱い、自社に合う課税方式まで早めに整理しておきましょう。一方的な値下げは避け、双方の合意で条件を見直すことも欠かせません。

増える一方の請求書処理は、受領から登録番号の確認、電子保存までをまとめて仕組み化すれば、多拠点・多数取引先を抱える製造業でも経理の負担を抑えられます。紙もPDFも取引先サイトからの請求書も、形式を問わず受領して確認・電子化まで任せたい場合は、TOKIUMインボイスが選択肢になります。製造業のインボイス対応と請求書処理の効率化をご検討中の方は、ぜひお問い合わせください。

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製造業のインボイスに関するよくある質問

製造業の簡易課税で第3種と第4種の違いは何ですか

材料を自社で仕入れて製造・加工して販売する取引は第3種でみなし仕入率70%、材料の支給を受けて加工賃だけを受け取る加工は第4種でみなし仕入率60%が基本です。同じ加工でも、材料を自分で調達するかどうかで区分が変わります。

免税事業者の外注先に値下げを求めてもよいですか

相手が免税だからという理由だけで、一方的に著しく低い価格を求めたり取引を打ち切ったりすると、下請法（2026年1月の改正で「取適法」に名称変更）や独占禁止法上の問題になるおそれがあります。価格を見直す場合は、双方が納得して合意することが前提です。

2026年10月以降、免税事業者からの仕入れはどうなりますか

免税事業者からの仕入れで控除できる割合が、80%から70%に下がります。その後も2028年10月に50%、2030年10月に30%と段階的に縮小し、2031年10月に経過措置が終わって、適格請求書がなければ控除できなくなります。

有償支給と無償支給でインボイスの扱いは変わりますか

有償支給は材料の売り渡しと製品の買い戻しがそれぞれ課税取引になり、適格請求書のやり取りが必要です。無償支給は材料の売買が発生しないため、加工賃の部分について適格請求書を確認します。具体的な処理は取引実態で判断が分かれるため、顧問税理士にも確認すると安心です。

多数の取引先の登録番号はどうやって確認すればよいですか

国税庁の公表サイトで登録番号を検索して確認できます。ただし仕入れ先が数百社にのぼる場合は、請求書の受領時に自動で照合できる仕組みを使うと、目視の手間と確認漏れを減らせます。