インボイス制度で免税事業者は不利になる？実施後の影響や取るべき対応について解説！

2023年（令和5年）10月1日から、消費税の仕入税額控除の方式として「インボイス制度」が始まりました。

売上で預かった消費税から、仕入れで支払った消費税を差し引いて納める（仕入税額控除）ための仕組みですが、差し引けるのは適格請求書がある取引に限られます。適格請求書を発行できるのは課税事業者だけなので、免税事業者はこの仕組みの外に置かれ、取引する上で不利になると言われています。

大企業から中小企業、個人事業主まで関係する制度ですが、影響がもっとも大きいのは免税事業者だった個人事業主です。課税事業者になるか、免税事業者のままでいるかの選択を迫られることになります。

本記事では、インボイス制度の説明やインボイス制度の対象、そして免税事業者が不利となる理由や、対応について解説します。フリーランスや個人事業主などの免税事業者の方は、ぜひ参考にしてみてください。

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インボイス制度とは？

インボイス制度は、別名「適格請求書等保存方式」とも言います。売上で納める納税額から仕入の納税額を控除することで消費税の二重払いを防ぐしくみです。

2023年10月以降、仕入税額控除の適用を受けるには、所定の項目がそろった請求書（適格請求書）の作成・発行が必要になりました。

また、受け取った取引先（商品やサービスの買い手側）は、その請求書を保存しなければなりません。これが「適格請求書等保存」です。

適格請求書には、決まった書式はありません。手書きでもよいとされていますが、記載項目が以下の要件を満たさないといけません。

• 買い手側の事業者（名称および氏名）
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象品目の場合は、その旨も記載）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額および適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額
• 発行者の名称または氏名
• 発行者の登録番号

このうち、「適用税率」と「税率ごとに区分した消費税額」「発行者の登録番号」が新しく加わる項目です。登録番号は、Tプラス13ケタの法人番号あるいは13ケタの数字で税務署から通知されます。

消費税は、2019年から10％と8％（軽減税率）が混在しています。インボイス制度は、このなかで取引の消費税額と消費税率を正確に把握することを目的としています。

経理事務の観点からみた場合、請求書に記載する項目が増えるため、フォーマットやシステムの変更などが必要となります。また、取引相手がインボイス制度の対象者であるかの確認も必須です。

インボイス制度の対象者は？

インボイス制度の対象者は、消費税の課税事業者に限られます。続いて、インボイス制度の対象者を詳しく解説します。

課税事業者が対象

インボイス制度で、適格請求書を発行できるのは適格請求書発行の登録事業者だけです。登録事業者になるには、まず課税事業者でなければなりません。つまり、適格請求書発行事業者になれるのは課税事業者だけです。

ただし、課税事業者であっても登録していなければ適格請求書を発行できません。そのため、その事業者から仕入れた買い手は、原則として仕入税額控除を受けられなくなります（当面は後述の経過措置により、一定割合までは控除できます）。

また、登録事業者には、取引で適格請求書を発行する義務があります。経理業務で対応できるように準備が必要です。

免税事業者であるフリーランス・個人事業主はどうなる？

制度開始から3年近くが経った今も、課税事業者になるか、免税事業者のままでいるかは自分で選べます。

どちらを選ぶかは任意で、事業の内容に合わせて決められます。基準期間（個人事業主は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下であれば消費税の納税義務がないため、事業規模が小さい方の多くは、これまで免税事業者だったはずです。

ただし免税事業者は、そもそも消費税を納めていないため、仕入税額控除も還付も受けられません。消費税の還付とは、仕入れで支払った消費税が売上で預かった消費税を上回ったときに、その差額が戻ってくることをいいます。設備投資が大きい年や輸出中心の事業などで還付を受けたい場合は、課税事業者になる必要があります。また、取引先との関係で、免税事業者を続けるのが難しくなるかもしれません。

免税事業者の対応や、課税事業者になる方法はこのあと詳しく解説します。

インボイス制度で免税事業者が不利になるのはなぜ？

インボイス制度が始まってから、課税事業者と比べて免税事業者は不利になると言われています。その理由を見ていきましょう。

取引先と契約の継続が困難になる

免税事業者は、適格請求書を発行できません。このため取引先は仕入時に払った消費税の控除に必要な請求書が手に入りません。

免税事業者から仕入れる企業は、これまでどおり取引を続けると、支払った消費税を仕入税額控除に使えません（当面は後述の経過措置により、一定割合までは控除できます）。その分だけ自社の納税額が増えるため、仕入先を課税事業者へ切り替えたほうがよいと判断し、契約を打ち切ってくるかもしれません。

発注そのものは続けるかわりに、控除できない消費税分の値引きを求めてくることもあります。いずれにしても、仕入れ先の免税事業者は取引を失うか手取りが減るかで、経営が厳しくなります。

また、免税事業者はこれまで「益税」（消費税の一部が事業者の手元に残って利益となること）の恩恵を受けてきました。インボイス制度の開始後は、免税事業者から仕入れる側が仕入税額控除を全額は使えなくなり、値引きや課税事業者への転換を求められる場面が増えたため、こうした利益は縮小しています。控除できる割合は2026年10月以降さらに下がるため（詳しくは「免税事業者のまま続ける」で解説します）、その傾向は強まっていきます。

課税事業者になると消費税を納付しなければならない

インボイス制度で取引先を失うくらいなら、いっそ課税事業者に転換しようという免税事業者の方もいるでしょう。ただ、消費税を納めると赤字になるという零細事業者には、悩ましい選択です。

課税事業者になった場合、これまでの免税の恩恵はなくなります。事業開始から2年未満の事業者や、売上高が1,000万円以下の零細事業者でも納税することになります。転換には慎重な判断が求められます。

免税事業者の方は、十分な経営基盤ができているかも含めて検討が必要です。

インボイス制度で免税事業者が取るべき対応

制度開始後、免税事業者が取れる対応について解説します。

免税事業者には、課税事業者となるか、このまま免税事業者を続けるかの選択肢があります。それぞれの対応について詳しくみていきましょう。

課税事業者になる

免税事業者から課税事業者になると、消費税の計算や申告、納税などをしなければなりません。経理事務では、取引先が適格請求書発行事業者かどうかの確認と登録番号の管理に加えて、免税事業者等から仕入れた分について、後述する経過措置で何割を控除できるかを分けて記録する手間も発生します。

一方で、適格請求書を発行できるようになるため、取引先を失うリスクは小さくなります。

ただし課税事業者になると、原則として2年間は免税事業者に戻れません。また、消費税は欠損金が出ていても納付しなければなりません。

なお、免税事業者から適格請求書発行事業者（課税事業者）に転換した場合の負担軽減策として、納める消費税を売上で預かった消費税の2割に抑えられる「2割特例」があります。ただしこの特例が使えるのは、個人事業主なら令和8年（2026年）分の確定申告まで、法人なら令和8年9月30日までの日が含まれる事業年度までです。その後は個人事業主に限り、令和9年（2027年）分・令和10年（2028年）分の申告について納める消費税を売上で預かった消費税の3割とできる「3割特例」が令和8年度税制改正で設けられました。適用には、適格請求書発行事業者の登録を受けていること、基準期間（令和9年分なら令和7年、令和10年分なら令和8年）の課税売上高が1,000万円以下であることなどの要件があり、法人は対象外です。
出典：国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス制度関係）」（最終確認日：2026年8月6日）

免税事業者のまま続ける

取引先が減るリスクはありますが、免税事業者のままでいることも可能です。

免税事業者のままでいると取引先が離れていくのではないか、と不安に感じる方は多いはずです。こうした影響に配慮して、適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れであっても、支払った消費税の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。

この経過措置は当初2029年9月末までの予定でしたが、令和8年度税制改正で2031年9月末まで2年間延長されました。ただし延長と引き換えに、控除できる割合は80％→70％→50％→30％と段階的に下がり、2031年10月以降は原則として控除の適用を受けられなくなります。
出典：国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス制度関係）」（最終確認日：2026年8月6日）

つまり、免税事業者のままでも取引を続けやすい期間は延びた一方で、取引先が控除できる金額は2026年10月1日から段階的に減っていきます。

期間	仕入税額控除できる割合
2023年10月1日〜2026年9月30日	仕入税額相当額の80％
2026年10月1日〜2028年9月30日	仕入税額相当額の70％
2028年10月1日〜2030年9月30日	仕入税額相当額の50％
2030年10月1日〜2031年9月30日	仕入税額相当額の30％
2031年10月1日以降	控除不可（原則）

※この経過措置を使うには、取引先（買い手）の側で次の2つが必要です。ひとつは、区分記載請求書等と同じ事項が記載された請求書等を保存すること。もうひとつは、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を帳簿に記載することです。記載方法は「80％控除対象」「免税事業者からの仕入れ」などと書くほか、「※」などの記号で示す方法も認められています。割合を明記する方式をとっている場合は、2026年10月1日以後の取引について「70％控除対象」などへの記載変更を検討することになります。
※なお、令和6年10月1日以後に開始する課税期間では、同一の免税事業者等から行うこの経過措置の対象となる課税仕入れの合計額が、その年またはその事業年度で課税期間に応じた一定の金額（令和6年10月1日から令和8年9月30日までの間に開始する課税期間は税込10億円、令和8年10月1日以後に開始する課税期間は税込1億円）を超える場合、その超えた部分にはこの経過措置を適用できません。
出典：国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」問113（令和8年4月改訂）（最終確認日：2026年8月6日）

●インボイス制度の経過措置に関する記事はこちら

免税事業者の方は、取引先がこの経過措置を使って取引を続けるのか、それとも適格請求書発行事業者への登録を求めてくるのかを、早めに確認しておきましょう。2026年10月1日に控除できる割合が80％から70％へ下がるため、取引先の負担はその分増えます。値下げや登録の要請を持ちかけられたときに即答しなくて済むよう、消費税分を値引きしても事業が回るのか、課税事業者になった場合の納税額はいくらになるのかを、いまのうちに試算しておきましょう。

免税事業者が課税事業者になるには？

免税事業者から課税事業者になるには、以下の手続きが必要です。

• 「適格請求書発行事業者」への登録申請
• 「消費税課税事業者選択届出書」の提出（※後述の登録の特例が使えない場合のみ。いまから登録する多くの方は不要です）

それぞれの手続きの方法について解説します。

「適格請求書発行事業者」の登録申請をする

免税事業者から課税事業者になるには、適格請求書発行事業者への登録を申請します。

免税事業者がこれから登録する場合は、後述の登録の特例の対象となる課税期間であれば、登録申請書に「登録希望日」を書いて提出します。登録希望日には、提出日から15日以降の登録を受ける日として希望する日を指定します（8月1日に提出するなら、8月16日以後の日を指定します）。この場合、税務署長による登録の完了が登録希望日より後になっても、登録希望日に登録を受けたものとみなされます。

免税事業者が令和5年10月1日から令和11年（2029年）9月30日までの日が含まれる課税期間中に登録を受ける場合は、経過措置（以下「登録の特例」）により消費税課税事業者選択届出書を提出する必要はなく、登録希望日から課税事業者になります。なおこの特例を使って登録した場合は、課税売上高が1,000万円以下であっても、登録した日からその課税期間の末日（個人事業主は12月31日）までの分について消費税の申告が必要です。また、令和10年4月1日以降は、特定少額資産販売事業者はこの特例の適用を受けられません。
出典：国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」問7（令和8年4月改訂）（最終確認日：2026年8月6日）

登録申請手続きはe-Taxからもでき、個人事業主の場合はスマートフォンからでも可能です。

書面で提出する場合は、納税地を管轄するインボイス登録センターへ郵送します。登録通知が届くまでの目安は、e-Taxによる提出で約1か月、書面による提出で約1か月半です。ただしこれは直近の申請・登録状況をもとにした推計で、通知までの期間を保証するものではありません。申請書に記載漏れや誤りがあると、さらに時間がかかる場合があります。
出典：国税庁「各局（所）インボイス登録センターのご案内」（最終確認日：2026年8月6日）

「消費税課税事業者選択届出書」が必要かを確認する

前述の登録の特例が使えるのは、令和11年（2029年）9月30日までの日が含まれる課税期間中に登録する場合です。それ以降に登録する場合や、登録とは別に自分の意思で課税事業者になる場合は、原則どおり消費税課税事業者選択届出書を提出して課税事業者になる必要があります。いまから登録する多くの方は特例の対象なので、この届出書は不要です。

選択届出書の提出は、税務署へ郵送もしくは持参して行います。手続きは適用を受ける課税期間開始日の前日までに行う必要があります。

また、課税事業者となることを選択した課税期間の初日から登録を受けたい場合は、その初日から起算して15日前の日までに登録申請書を提出しなければなりません。個人事業主が1月1日から登録を受けるなら、前年12月17日までに提出することになります。
出典：国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」問7（令和8年4月改訂）（最終確認日：2026年8月6日）

課税事業者になるにあたって不安がある方は税理士に相談することをおすすめします。

インボイスの確認・保存の負担を減らすならTOKIUM

ここまでは免税事業者側の話をしてきましたが、免税事業者から請求書を受け取る企業の経理にも、制度対応の負担がのしかかっています。取引先から登録や取引条件の見直しを求められる背景にあるのが、この作業です。

免税事業者との取引が続く限り、受け取る側の経理には確認作業がついて回ります。請求書ごとに登録番号の有無を確認し、免税事業者等からの仕入れは経過措置の対象として帳簿に区分して記録しなければなりません。2026年10月1日からは控除できる割合が70％に下がります。割合を明記する方式で帳簿をつけている場合は、「70％控除対象」などへの記載変更も必要になります。

「TOKIUMインボイス」は、紙・メール・システムなど形式を問わず請求書を代行受領し、記載事項をデータ化する請求書受領クラウドです。登録番号は国税庁のAPIと連携して有効性を確認できるほか、JIIMA認証を取得しており、電子帳簿保存法の要件に沿った保存まで行えるため、インボイス制度対応で発生する追加工数を最小限に抑えられます。

インボイス制度への対応と請求書業務の効率化をご検討中の方は、TOKIUMインボイスの資料をダウンロードしてください。

まとめ

2023年10月1日から仕入税額控除の方式としてインボイス制度が始まりました。インボイス制度の対象は課税事業者に限られます。免税事業者は適格請求書を発行できないため、取引先から契約の見直しや値下げを求められる可能性があります。

免税事業者は課税事業者となるか、そのまま免税事業者でいるか、の選択をすることになります。課税事業者となる場合は、適格請求書発行事業者への登録申請など手続きが必要です。

課税事業者になった場合、納税が必要ですし、2年間は免税事業者に戻れないので、不安な方は税理士に相談することをおすすめします。

なお、免税事業者等からの仕入れについて一定割合を控除できる経過措置は2031年9月末まで延長されましたが、控除できる割合は2026年10月1日から80％→70％と段階的に下がります。取引先の負担が増えるタイミングなので、免税事業者のまま続ける方も、取引条件の見直しに備えておきましょう。