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インボイス制度への対策をもっと詰めなければ、という声を聞く機会は今も少なくありません。2026年10月1日には経過措置の控除割合が80％から70％に下がるため、免税事業者との取引がある企業は、あらためて対応を見直すタイミングを迎えています。
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2023年10月1日からインボイス制度が始まりました。インボイス制度開始後、仕入税額控除を受けるためには適格請求書（インボイス）の保存が必要です。しかし、適格請求書を交付できるのは登録を受けた適格請求書発行事業者に限られるため、免税事業者との取引がある企業は大きな影響を受けることになります。
そこで本記事では、免税事業者との取引がある企業が行うべきインボイス対策を3つ解説していきます。2026年10月の切り替えに向けた準備のスケジュールについてもご紹介するので、ぜひ参考にしてみてください。
インボイス制度への対策が必要な理由
まずは、インボイス制度への対策が必要な理由を、納税額と経理業務の観点から理解しておきましょう。それぞれの理由を詳しく解説していきます。
納税額を増やさないため
インボイス制度への対策を行う最大の理由として、仕入税額控除を満額適用し納税額を増やさないということが挙げられます。
仕入税額控除とは、売上にかかった消費税額から仕入れにかかった消費税額を控除することです。仕入税額控除を行わなければ、本来消費者が負担するはずの消費税が二重三重に累積し、事業者の税負担が増えてしまいます。
インボイス制度開始以降は、適格請求書を保存しなければ、原則として仕入税額控除ができません。ここで注意したいのが、適格請求書を交付できるのは、税務署の登録を受けた「適格請求書発行事業者」に限られるという点です（登録できるのは課税事業者のみです）。そのため、課税事業者であっても登録を受けていない相手との取引では、仕入税額控除ができず自社の納税額が増えてしまいます。※2031年9月30日までは経過措置の期間あり（後述）。なお、公共交通機関の3万円未満の運賃や従業員の出張旅費など、帳簿のみの保存で控除が認められる取引もあります。
このように免税事業者との取引がある事業者は、インボイス制度により税負担が増加するので、対策を講じる必要があります。仕入税額控除については、下記の記事でも解説していますので参考にしてください。
▶関連記事：仕入税額控除とは？インボイス制度における適用要件と計算方法を解説
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経理業務の変化に対応するため
上述の通り、インボイス制度が始まると適格請求書の保存が必要になります。適格請求書は、登録番号や適用税率など、記載すべき事項が決められています。内容に不備があった場合は適格請求書として認められず、仕入税額控除を受けられないおそれがあります。
そのため、受け取った請求書を今まで以上に細かくチェックすることが重要となり、インボイス制度開始後は経理業務に変化が起き、煩雑化することが予想されます。既存の業務フローを見直したり、請求書処理業務を効率化できるITツールを導入したりと、対応の準備を進めておく必要があるでしょう。
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インボイス制度に向けた社内での準備
インボイス制度の対策が必要な理由は分かったけれど、具体的な対策スケジュールについても気になるかと思います。社内でどういった準備が必要かを見ていきましょう。
自社の登録申請スケジュールを確認する
インボイス制度において、適格請求書を発行できるのは「適格請求書発行事業者」の登録を受けた課税事業者のみだということは上述した通りです。この登録を受けるためには、事前に登録申請を行う必要があります。そのため、登録申請を最優先で行い、取引先からの適格請求書交付の求めに応じられるようにしましょう。
なお、登録申請は現在も随時受け付けられています。登録申請書を提出すると、税務署長による審査を経て適格請求書発行事業者登録簿に登載され、登録番号が通知されます。
一方、免税事業者が登録を受ける場合は取扱いが異なります。原則は「消費税課税事業者選択届出書」の提出が必要ですが、令和11年（2029年）9月30日までの日の属する課税期間中に登録を受けるときは、経過措置により同届出書の提出は不要です。この場合、登録申請書に「登録希望日」（提出日から15日以降の日）を記載して提出すれば、その登録希望日から課税事業者となり、適格請求書を交付できるようになります。取引先の免税事業者に登録を促す場合は、この15日を見込んで逆算しましょう。
この経過措置の適用を受けて登録した場合、基準期間の課税売上高にかかわらず、登録日から課税期間の末日までの期間について消費税の申告が必要となります。取引先に課税転換を相談するときは、この点も併せて伝えると親切です。出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A 問7（令和8年4月改訂）（最終確認日：2026年8月7日）
インボイス制度の登録申請方法について不安が残る方は、下記の記事も併せてご確認ください。
2031年までの経過措置について把握する
登録を受けていない事業者（免税事業者等）からの仕入れがある企業の負担が急に増えないよう、2031年9月30日までは「経過措置」とよばれる期間が設けられており、一定の割合で控除が可能となっています。この経過措置は当初、6年間で控除割合が80％→50％と縮小する内容でした。それが令和8年度税制改正で2年間延長のうえ見直され、計8年間・4段階（80％→70％→50％→30％）になりました。
ただし、この経過措置を使うには書類の保存が条件になります。具体的には、区分記載請求書等と同じ事項が記載された請求書等と、「80％控除対象」など経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載した帳簿の2つを保存しておく必要があります。
▼ 経過措置を含めたインボイス制度のスケジュール
| 期間 | 免税事業者等からの仕入れの控除割合 | 控除できない消費税額の目安（税込支払額に対する割合） |
|---|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 仕入税額相当額の80％を控除可能 | 約1.8％ |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 仕入税額相当額の70％を控除可能 | 約2.7％ |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 仕入税額相当額の50％を控除可能 | 約4.5％ |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 仕入税額相当額の30％を控除可能 | 約6.4％ |
| 2031年10月1日以降 | 控除不可（適格請求書の保存が必要） | 約9.1％ |
右端の列は、登録を受けていない取引先への支払額のうち、自社が負担することになる金額の目安です。標準税率10％の取引であれば、税込支払額 × 10/110 ×（1 − 控除割合）で計算できます。例えば年間1,000万円（税込）を支払っている取引先が登録を受けていない場合、2026年9月までの負担は約18万円ですが、10月以降は約27万円に増えます。
取引先ごとにこの金額を出しておくと、どの取引先から交渉すべきかの優先順位がつけられます。数十社に一律で同じ依頼文を送るより実務が回りますし、社内の稟議資料にもそのまま使えます。なお軽減税率8％の取引は 8/108 で計算するため、目安はそれぞれ約1.5％・約2.2％・約3.7％・約5.2％・約7.4％となります。
※この経過措置には金額の上限があります。令和6年（2024年）10月1日以後に開始する課税期間については、同じ免税事業者等からの経過措置の対象となる仕入れに上限が設けられました。その年またはその事業年度で一定額を超えると、超えた部分には経過措置を適用できません。上限額は、令和6年10月1日から令和8年9月30日までの間に開始する課税期間が税込10億円、令和8年（2026年）10月1日以後に開始する課税期間は税込1億円です。上限が1億円に下がることで新たに対象となる企業もあるため、取引先ごとの年間仕入額（税込）を集計できる状態にしておく必要があります。出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A 問113 免税事業者等からの仕入れに係る経過措置（令和8年4月改訂）（最終確認日：2026年8月7日）
あわせて、切り替えで実務上いちばん間違えやすいのが、2026年9月30日と10月1日をまたぐ取引です。控除割合は請求書の発行日ではなく、課税仕入れを行った日がどちらの期間に属するかで判定します。締め日が月末でない場合、1枚の請求書に80％対象と70％対象が混在するため、日付で分けて処理しなければなりません。
会計システムの税区分に「70％控除対象」を追加できるかは、早めにベンダーへ確認しておきましょう。帳簿で記号を使っている場合は、凡例（「※は80％控除対象」など）の見直しも9月中に済ませておくと安全です。
経過措置そのものの詳細は、下記の記事で解説しています。
インボイス制度対応システムの活用を検討する
インボイス制度開始後は、受け取った請求書に適格請求書発行事業者の登録番号が記載されているか、その番号が有効かを確認したうえで、控除できる金額を判断する作業が必要になります。登録を受けていない事業者からの仕入れは経過措置の対象となるため、適格請求書がある取引とない取引を分けて管理しなければなりません。しかし、自社のみで紙や電子で届く請求書全てを確認するとなると膨大な時間と労力を割かねばなりません。そのため、インボイス制度における社内準備はシステムの活用が経理業務効率化の観点からおすすめです。あわせて、2026年10月1日以降は控除割合が変わるため、利用中の会計ソフト・経理システムが新しい控除割合の区分に対応するか、提供時期をベンダーに確認しておくと安心です。
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また、インボイス制度におけるシステム対応の方法については、下記記事でも詳しく解説しています。併せて参考にしてみてください。
インボイス制度の対策3つ
次はいよいよ、社外を含めた具体的なインボイス制度の対策3つを見ていきましょう。インボイス制度では、取引先の状況によって自社にも影響が及ぶため、社内だけで準備すれば良いものではありません。免税事業者との取引の調整など、慎重に取り組むべきテーマも含まれているので、ぜひ詳しく読み込んでみてください。
控除できる割合が80％から70％に下がる2026年10月1日に向けて、自社（買い手）がやること、そして取引先（売り手）側で起きることを整理すると、次の通りです。
買い手側の対応をより詳しく知りたい方は、下記の記事も参考にしてください。
1. 自社からの通知を兼ねて取引先の登録状況を確認する
まず大前提として、インボイス制度では取引先が適格請求書を発行できるかどうか、が重要になってきます。取引先が適格請求書発行事業者であるかを必ず確認し、仕入税額控除を受けるために前提の対策を行いましょう。
確認する方法としては大きく二つあります。
一つ目は、自社の登録番号の通知と併せて確認する方法です。自社の適格請求書発行事業者番号の通知を兼ねた文書を作成し、取引先の登録状況を確認します。このようにすることで、取引先が適格請求書発行事業者か確認できるだけでなく、自社がインボイス制度に対応していることを取引先に認識してもらえます。
二つ目は、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認する方法です。
→ 国税庁インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト
このサイトは登録番号で検索する仕組みのため、取引先から番号を教えてもらったあとの裏取りに使います。公表される内容は以下の通りです。
- 適格請求書発行事業者の氏名又は名称
- 法人（人格のない社団等を除く）については、本店又は主たる事務所の所在地
- 登録番号
- 登録年月日
- 登録取消年月日、登録失効年月日
個人事業者の「主たる屋号」「主たる事務所の所在地等」は、本人が申し出た場合に限り公表されます。また登録の取消し・失効があるため、継続的な取引先については定期的に確認しておくと安全です。出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A 問19 適格請求書発行事業者の情報の公表（最終確認日：2026年8月7日）
2. 適格請求書発行事業者の登録を促す（下請法〈現・中小受託取引適正化法〉・独占禁止法に注意）
もし、取引先の課税事業者がまだ登録申請を行っていない場合は、早めの登録を促すようにしましょう。また、免税事業者の取引先に対しても継続的な取引を考えているのであれば、課税事業者への転換を提案するのも一つの対策です。
課税事業者への転換を提案するときは、相手方の負担も把握しておくと話が進めやすくなります。免税事業者から課税事業者に転換した売り手側には、納税の負担を軽くする仕組みがあるためです。納付税額を売上税額の2割にできる「2割特例」は、令和8年（2026年）9月30日を含む課税期間の申告までが対象です。個人事業者であれば令和8年分の申告までとなります。
また、3割にできる「3割特例」は令和9年（2027年）分と令和10年（2028年）分の申告が対象です。こちらは令和8年度税制改正で措置されたもので、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の個人事業者のみが使えます。
免税事業者側の事情については、下記の記事でも解説しています。
適格請求書を受領できず仕入税額控除を受けられないのは、自社にとって大きな負担となってしまいます。課税転換を取引先に依頼する場合、免税事業者は今まで納税しなかった消費税を納める必要があるため、取引価格の引き上げを求めてくる場合があるでしょう。
なお、かつての「下請法（下請代金支払遅延等防止法）」は、2026年1月1日施行の改正で「中小受託取引適正化法」に名称が変わりました。本記事では以降、通称の「取適法」で表記します。取引価格の引き上げを一方的に拒否すると、取適法や独占禁止法といった法律に抵触するおそれがあるため、しっかりと協議した上で取引価格の見直しに応じることが大切です。
この改正では、取適法の適用対象を判定する基準に従業員基準（300人・100人）が追加され、資本金基準では対象外だった企業も規制対象に入りました。あわせて禁止行為に「協議に応じない一方的な代金決定」が新設され、価格協議の求めに応じない・必要な説明を行わないこと自体が違反となります。自社が対象になるかどうか、改めて確認しておきましょう。出典：公正取引委員会｜中小受託取引適正化法（取適法）関係（最終確認日：2026年8月7日）
この点について公正取引委員会は、課税事業者になるよう要請すること自体は問題ないとしています。一方で、要請にとどまらず「課税事業者にならなければ取引価格を引き下げる」「それにも応じなければ取引を打ち切る」などと一方的に通告するのはNGです。独占禁止法上または取適法上問題となるおそれがある、としています。つまり「登録してほしい」とお願いすること自体は問題ありません。避けるべきは、条件を一方的に突きつけてしまうことだと覚えておきましょう。出典：公正取引委員会｜免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A（令和8年1月30日更新）（最終確認日：2026年8月7日）
3. 取引価格の調整を依頼する
免税事業者によっては、課税事業者への転換を受け入れない事業者も出てくるかと思います。その場合は、仕入税額控除ができない分の取引価格引き下げをお願いするのも、一つの対策です。
しかし、取引先である免税事業者の負担が増えるため、取引価格の交渉がスムーズに進まないことも十分考えられます。そのような場合、取引の継続そのものを見直す選択肢もあります。
ただし、著しく低い価格を一方的に提示し、これに応じないことを理由に取引を停止すると、独占禁止法上問題となるおそれがあります。判断は慎重に行いましょう。
なお、価格の引き下げそのものが問題になるわけではありません。公正取引委員会は、仕入税額控除が制限される分について、免税事業者側が仕入れや諸経費で負担している消費税の支払いも考慮したうえで双方が納得して取引価格を設定するのであれば問題ないとしています。結果的に価格が下がったとしても、独占禁止法上問題となるものではありません。出典：公正取引委員会｜免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A（前掲）（最終確認日：2026年8月7日）
一方で、取引上優越した地位にある買い手が、再交渉を形式的に済ませて自社の都合だけで著しく低い価格を設定したとします。それが免税事業者の仕入れ時に支払っていた消費税額も払えないような価格であれば、優越的地位の濫用として独占禁止法上問題となる、としています。
また、取引先が課税事業者に転換すると、その事業者には新たに消費税の納税負担が生じます。それにもかかわらず明示的な協議をせず取引価格を据え置くことも、優越的地位の濫用または取適法上の買いたたきとして問題となるおそれがあるとされています。
価格を下げること自体を恐れる必要はありません。大切なのは、下げる理由と根拠を示して取引先と話し合い、その記録を残しておくことです。転換を依頼したら、価格についても必ず一度は話し合いの席を設けましょう。
失敗しない免税事業者との付き合い方
ここまでの対策を実行するうえで、共通して気をつけたいのが法令上のラインです。インボイス制度を踏まえて、免税事業者と取引条件を交渉したり、場合によっては取引の停止を考える企業も多いと思います。しかし、交渉の仕方や内容によっては、独占禁止法や取適法の違反になるリスクがあることを理解しておきましょう。最後に、やってはいけない行為を類型ごとに確認しておきます。
独占禁止法や取適法は、取引上優越した地位にある事業者から、フリーランスや中小規模の事業者、中小受託事業者（旧・下請事業者）の利益を守るための法律です。優越的地位にあたるかどうかは企業規模ではなく、取引上の力関係で判断されます。例えば、成果物の受領を正当な理由なく拒む、協賛金の負担を求める、自社商品の購入を求めるといった行為もあります。これらも価格交渉と同じく、独占禁止法における「優越的地位の濫用」に当てはまるおそれがあります。これらの法律に抵触しないために、取引先とは対等な関係で真摯に対応することが大切です。
なお、外注先に個人事業主が多い場合は、フリーランス法（特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律。2024年11月1日施行）にも注意が必要です。取適法は資本金や従業員数で適用対象が決まりますが、フリーランス法にはそうした規模の要件がありません。従業員を使用しない個人や、代表者1人だけの法人に業務を委託していれば適用されます。
つまり、取適法の対象外だった企業でも、相手がフリーランスであればフリーランス法が適用されるということです。同法でも買いたたきや報酬の減額は禁止されているため、インボイスを理由とした価格の引き下げ交渉では、独占禁止法・取適法と同じ注意が必要になります。
フリーランス法では、発注事業者に取引条件の明示義務と期日における報酬支払義務が課されます。さらに1か月以上の業務委託については、買いたたき・報酬の減額・受領拒否・返品・購入や利用の強制・不当な経済上の利益の提供要請・不当な給付内容の変更ややり直しが禁止されています。出典：公正取引委員会｜フリーランス・事業者間取引適正化等法 パンフレット（令和6年11月1日施行）（最終確認日：2026年8月7日）
公正取引委員会は、免税事業者との取引で独占禁止法・取適法上問題となりうる行為を、次の6つに整理しています。
・取引対価の引下げ
・商品・役務の成果物の受領拒否、返品
・協賛金等の負担の要請等
・購入・利用強制
・取引の停止
・登録事業者となるような慫慂（しょうよう＝課税事業者になるよう強く働きかけること）等
自社の対応がこの6つに当てはまっていないか、取引先に連絡する前に一度チェックしてみてください。出典：公正取引委員会｜免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A（前掲）（最終確認日：2026年8月7日）
取適法や独占禁止法についての詳細は、下記の記事をご参照ください。
インボイス制度の対策まとめ
インボイス制度における3つの対策について解説してきましたが、いかがでしたでしょうか？
適格請求書を発行できる事業者は登録を受けた適格請求書発行事業者に限られているため、免税事業者との取引が多い企業はインボイス制度によって大きな影響を受けるでしょう。
できるだけ不利益を被らないためにも、早めの準備と対策が欠かせません。特に2026年10月1日からは、免税事業者等からの仕入れで控除できる割合が80％から70％に下がります。取引先の登録状況の確認と、価格交渉の進め方の見直しは、この日を一つの区切りとして進めておきましょう。
取引先との協議や取引価格の見直しは、自社の判断で丁寧に進めていく必要があります。一方で、受け取った請求書が適格請求書の要件を満たしているかを1枚ずつ確認する作業は、仕組みで負担を減らせる部分です。請求書受領クラウド「TOKIUMインボイス」では、請求書の受け取りからデータ化までを代行します。請求書に記載された登録番号は国税庁のAPIと連携して自動で判別できるほか、AIが適格請求書の6要件に基づいて判定した結果も利用できます。この機会に業務フローの見直しと併せて検討してみてください。
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