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消費税の10％への引き上げ、軽減税率の導入を受け、2023年10月1日からインボイス制度が始まりました。これにより、仕入税額控除（支払った消費税を、納める消費税から差し引ける仕組み）を受けるためには、原則として「適格請求書（インボイス）」の保存が必要になりました。
また、適格請求書を発行できるのは、適格請求書発行事業者の登録を受けた課税事業者に限られます。そのためインボイス制度は課税事業者だけでなく、今まで納税や仕入税額控除とは縁のなかった免税事業者（主に個人事業主や小規模事業者）にも大きく影響する制度となっています。
今回は、インボイス制度はいつから始まったのか（経過措置を含めたスケジュールの詳細）、請求書の対応で準備すべきことは何か、について詳しく解説します。インボイス制度への対応について、今後どのような段取りで進めていけば良いかお悩みの企業や個人事業主の方は、ぜひ参考にしてみてください。
→ダウンロード：請求書電子化で「ミスなく」月次決算を実現できる理由とは？3つのメリットをご紹介
インボイス制度とは
インボイス制度とは、2023年10月から導入された、消費税の仕入税額控除の適用を受けるための新たな方式です。正式名称は「適格請求書等保存方式」と言います。
インボイス制度施行以前は「区分記載請求書等保存方式」という方式が採用されており、適用税率ごとに区分した請求書（または納品書、領収書等）と区分経理に対応した帳簿を保存すれば、仕入税額控除の適用を受けることができました。しかしインボイス制度の開始以降は、仕入税額控除の適用を受けるためには、より細かい記載事項や制限が設けられている「適格請求書（インボイス）」を保存する必要が生じました。
インボイス制度の詳細についてさらに詳しく知りたい方は、下記記事も併せてご覧ください。
仕入税額控除がポイントに
仕入税額控除とは、課税売上の消費税額から、課税仕入れにかかった消費税額を差し引くことです。大前提として、消費税の実質的な負担者は消費者です。ただし、商品やサービスが消費者の元に届くまでには複数の事業者を経由し、その取引のたびに消費税が発生します。そこで発生する消費税額は、各事業者がいったん負担しています。
このまま各段階で消費税を納めると、同じ商品に何重にも課税されてしまいます。そこで各事業者は、売上にかかる消費税額から仕入れにかかった消費税額を差し引いて納付します。これが仕入税額控除です。
なお、仕入税額控除を行うためには一定の要件を満たした請求書等の保存が必要です。2023年9月30日までは「区分記載請求書」でしたが、2023年10月1日以降は原則として「適格請求書（インボイス）」の保存が必要になりました。出典：国税庁｜No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）（最終確認日：2026年8月7日）
仕入税額控除についてさらに理解を深めたい方は、以下の記事をご確認ください。
適格請求書と区分記載請求書の違い
インボイス制度以前の請求書「区分記載請求書」とインボイス制度以降の「適格請求書」の違いについても見ていきましょう。区分記載請求書は、消費税の軽減税率が導入された2019年10月に始まった「区分記載請求書等保存方式」で保存が求められた請求書です。8％と10％の対象品目を分けて記載する様式で、軽減税率の導入からインボイス制度の開始までをつなぐ過渡的な方式と位置づけられていました。
区分記載請求書の記載要件は以下の通りです。
- 書類の作成者（請求書を発行する事業者）の氏名または名称
- 取引を行った年月日
- 取引の内容（軽減税率（8％）の対象品目である場合は、その旨）
- 税率ごとに合計した税込価額
- 書類の交付を受ける事業者（請求書の宛先）の氏名または名称
出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A 問113 免税事業者等からの仕入れに係る経過措置【令和8年4月改訂】（最終確認日：2026年8月7日）
適格請求書では、上記の要件に加え、以下の要件が追加されます。
- 適格請求書発行事業者ごとに付けられた登録番号
- 適用税率
- 税率ごとに分けられた消費税額
なお適格請求書では、税率ごとに区分して合計した対価の額を税込・税抜のどちらで記載しても構いません。出典：国税庁｜No.6625 適格請求書等の記載事項（最終確認日：2026年8月7日）
このように、インボイス制度が施行され、請求書に記載が必要な要件がさらに細かくなったことがわかります。
インボイス制度が導入された背景
インボイス制度が導入された背景は、大きく2つあります。
複数税率との関係
一つ目は複数税率の問題です。日本は2019年10月1日から8％と10％の複数税率を新たに採用しました。税率が1つだけであれば、どの品目にも同じ税率を適用すればよいため、経理処理はシンプルに済みます。しかし、2つの税率が存在していると、どの品目がどちらの税率であるのかがわかりづらく、経理処理が複雑化します。そこでインボイス制度では、適用税率や税率ごとの消費税額の記載を義務付けることで、取引ごとの正確な消費税額を把握できるようにしています。
免税事業者の益税問題
二つ目は免税事業者の益税についてです。基準期間（個人事業者はその年の前々年、法人は前々事業年度）における課税売上高が1,000万円以下の事業者は、原則として消費税の納税義務が免除されます（免税事業者）。ただし、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、特定期間（個人事業者は前年1月1日〜6月30日、法人は原則として前事業年度開始日以後6か月）の課税売上高（給与等支払額での判定も選択可）が1,000万円を超える場合は、納税義務は免除されません。出典：国税庁｜No.6501 納税義務の免除（最終確認日：2026年8月7日）
免税事業者は、売上代金に含まれる消費税相当額を受け取っても、それを国に納める義務がありません。一方で、仕入時に自分が払った消費税を控除することもできません。この「受け取ったが納めない分」から「払ったが控除できない分」を差し引いた残りが手元に残るため、かつては「益税」と呼ばれてきました。
インボイス制度の下では、免税事業者等から仕入れた側は原則として仕入税額控除ができないため、その負担が買い手側に生じます（ただし後述の経過措置により、2031年9月30日までは一定割合を控除できます）。
仕入税額控除の観点から、適格請求書を発行できない免税事業者との取引は敬遠されるおそれがあり、制度開始後は課税事業者への転換を選ぶ事業者もいます。
インボイス制度はいつから開始？
インボイス制度は、2023年10月1日に開始しました。ただし「始まった瞬間にすべてが変わった」わけではなく、買い手側の負担が段階的に重くなる設計になっています。
開始から3年近くが経った現在も、免税事業者などからの仕入れについては仕入税額相当額の80％を控除できる状態が続いています。この80％が終わるのが2026年9月30日で、ここが最も近いマイルストーンです。詳しくは次の見出しで解説します。
また課税事業者にとっても、適格請求書発行事業者の登録申請が必要になりました。あわせて、登録番号・適用税率・税率ごとに区分した消費税額といった記載事項を満たしたインボイスの整備も求められます。請求書の電子化（電子インボイス）への対応を進める企業も増えており、従来の請求書業務の見直しが必要です。出典：国税庁｜適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用）／No.6625 適格請求書等の記載事項（最終確認日：2026年8月7日）
インボイス制度ではいつから控除不可になる？
インボイス制度は2023年10月に始まりましたが、免税事業者からの仕入れについては、いつから仕入税額控除ができなくなるのでしょうか。
はじめに用語を整理します。後述する経過措置の対象となるのは「適格請求書発行事業者以外の者（免税事業者等）」からの課税仕入れです。免税事業者だけでなく、消費者や、課税事業者であっても登録を受けていない事業者・登録を取り消した事業者からの仕入れも含まれます。以下では「免税事業者等」と表記します。
結論から言うと、免税事業者等からの仕入れが完全に控除できなくなるのは2031年10月1日以後です。それまでは、仕入税額相当額の一定割合を買い手が控除できる経過措置が設けられています。この経過措置は当初6年間（2023年10月〜2029年9月）の予定でしたが、令和8年度税制改正で2年間延長され、控除できる割合は80％→70％→50％→30％の4段階で縮小することになりました。
| 期間 | 仕入税額控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 仕入税額相当額の80％ |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 仕入税額相当額の70％ |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 仕入税額相当額の50％ |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 仕入税額相当額の30％ |
| 2031年10月1日以後 | 控除不可（原則） |
※本経過措置の適用にあたっては、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存と、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿の保存が必要です。
●インボイス制度の経過措置に関する記事はこちら
なお、この経過措置には金額の上限もあります。2024年（令和6年）10月1日以後に開始する課税期間から、同一の免税事業者等からの、この経過措置の対象となる課税仕入れの合計額が、その年またはその事業年度で税込10億円を超えると、その超えた部分には経過措置を適用できません。この上限は、2026年（令和8年）10月1日以後に開始する課税期間から税込1億円に引き下げられます。判定は取引先1社ごとの年間合計額で行うため、これまで「自社には関係ない」としていた企業でも、未登録の取引先が複数ある場合は取引先別の年間仕入額を集計して確認しておきましょう。出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A 問113 免税事業者等からの仕入れに係る経過措置【令和8年4月改訂】（最終確認日：2026年8月7日）
帳簿への記載方法として、国税庁は記載例に「80％控除対象」「免」などを挙げています。ほかにも、対象取引に「※」「☆」といった記号を付し、別途「※は80％控除対象」と表示する方法も認められています。
2026年10月1日以降は控除割合が70％になるため、割合を明記する運用をとる場合は「70％控除対象」等と実態に合わせた記載が必要です。なお国税庁は、令和8年度税制改正特集において、帳簿に記載すべき旨を「「80％控除」・「7・5・3割控除」を受ける課税仕入れである旨」と説明しています。会計システムの税区分名称を決める際は、この表記に合わせておくと確実です。
また、80％と70％のどちらの控除割合が適用されるかは「課税仕入れを行った日」で判定します。課税仕入れを行った日とは、資産の譲受け・借受けをした日、または役務の提供を受けた日をいい、請求書の発行日や支払日ではありません。出典：国税庁｜消費税法基本通達 11-3-1（課税仕入れを行った日の意義）（最終確認日：2026年8月7日）
たとえば2026年9月20日締め・10月末払いの請求書でも、9月中に引渡しが完了している取引は80％、10月1日以降の引渡し分は70％となり、同じ請求書の中で割合が混在するケースがあります。この場合は請求書1枚をそのまま1本で起票するのではなく、80％対象分と70％対象分に分けて計上します。明細から引渡日が判別できない取引先には、2026年9月・10月分だけでも納品書や役務提供完了報告の添付を依頼しておくと、期をまたぐ判定がスムーズです。
なお、リース取引や割賦購入、未成工事支出金・建設仮勘定として経理した課税仕入れについては、原則どおり引渡し等を受けた日で判定したうえで、一定の要件のもとに別の時期での計上を認める取扱いが通達に定められています（所有権移転外リースのリース料を支払うべき日で経理する場合など）。また短期前払費用は、支出した日の属する課税期間に課税仕入れを行ったものとして取り扱われます。建設業や設備投資の多い企業では、経理担当者や顧問税理士に個別に確認しておくと安心です。出典：国税庁｜消費税法基本通達 11-3-2・11-3-5・11-3-6・11-3-8（最終確認日：2026年8月7日）
2031年10月1日以後の課税仕入れについては、経過措置が終了します。以後、免税事業者等からの仕入れは原則として仕入税額控除の対象外です（古物商特例など、帳簿のみの保存で控除が認められる例外を除きます）。出典：国税庁｜No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存（最終確認日：2026年8月7日）
そのほかの特例・経過措置の期限一覧
インボイス制度には、ここまで見た経過措置のほかにも期限つきの特例が複数あります。「いつまで使えるのか」を整理しておきましょう。
| 措置 | 期限 | 誰が使えるか |
|---|---|---|
| 免税事業者等からの仕入れの経過措置 （仕入税額相当額の80→70→50→30％を控除） | 2031年9月30日まで | 買い手（規模を問わずすべての課税事業者） |
| 少額特例 （税込1万円未満の課税仕入れはインボイスの保存不要・帳簿のみ） | 2029年9月30日まで | 買い手のうち、基準期間の課税売上高1億円以下（または特定期間の課税売上高5,000万円以下）の事業者 |
| 2割特例 （納付税額を売上税額の2割にできる） | 2026年9月30日までの日の属する各課税期間 | 免税事業者から適格請求書発行事業者になった事業者（法人・個人とも） |
| 3割特例 （納付税額を売上税額の3割にできる。令和8年度税制改正で新設） | 2027年・2028年（令和9年・令和10年）に含まれる各課税期間 | 免税事業者から適格請求書発行事業者になった個人事業者のみ（法人は対象外。基準期間の課税売上高1,000万円以下等の要件あり） |
| 免税事業者の登録に係る経過措置 （課税事業者選択届出書なしで登録申請書のみで登録可） | 2029年9月30日までの日の属する課税期間 | 登録を受けようとする免税事業者 |
出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A【令和8年4月改訂】問7・問111・問114・問115-2、国税庁｜令和8年度税制改正特集（3割特例・経過措置の適用期限一覧）（最終確認日：2026年8月7日）
なお、少額特例の対象となる事業者であれば、税込1万円未満の課税仕入れはインボイスの保存が不要なため、相手が免税事業者等であっても仕入税額の全額を控除できます（経過措置による割合の制限を受けません）。ただし少額特例は2029年9月30日で終了するため、それ以降は1万円未満の取引も経過措置の割合による控除となります。出典：国税庁｜インボイスQ&A 問111（少額特例）（最終確認日：2026年8月7日）
売り手として必要な請求書などの対応
インボイス制度導入における「売り手」の立場として、必要になる対応は主に3つです。
- 適格請求書発行事業者に登録する
- 販売管理システムが適格請求書に対応するか確認する
- インボイスの交付方法を検討する
以下、詳しく解説します。
適格請求書発行事業者に登録する
売り手の立場としては、適格請求書を発行するため「適格請求書発行事業者」の登録が必要です。ただし、登録を受けられるのは課税事業者に限られるため、免税事業者は注意しましょう。原則としては「消費税課税事業者選択届出書」を提出して課税事業者になる必要がありますが、2029年（令和11年）9月30日までの日の属する課税期間中に登録を受ける場合は、経過措置により、登録申請書に登録希望日（提出日から15日以降の日）を記載するだけで、その登録希望日から課税事業者となることができます（課税事業者選択届出書の提出は不要です）。
なお、この経過措置により登録を受けた場合は、基準期間の課税売上高にかかわらず、登録日から課税期間の末日までの期間について消費税の申告が必要になります。出典：国税庁｜消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A 問7 免税事業者の登録手続【令和8年4月改訂】（最終確認日：2026年8月7日）
一方で、課税事業者になると消費税の納付義務が発生するため、慎重に検討するようにしましょう。
登録申請は現在も随時受け付けられています。ただし、登録の効力が生じる日は立場によって異なります。すでに課税事業者である場合、登録の効力は税務署長が登録をした日から生じ、日付を指定することはできません。一方、免税事業者が前述の経過措置により登録を受ける場合は、登録申請書に「登録希望日」（提出日から15日以降の日）を記載することで、その日から登録を受けられます。いずれの場合も申請から登録通知までには一定の期間がかかるため、取引開始予定日から逆算して余裕をもって手続きしましょう。出典：国税庁｜適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用）（最終確認日：2026年8月7日）
販売管理システムが適格請求書に対応するか確認する
自社で発行する請求書が適格請求書の要件を満たしているか、確認が必要です。適格請求書には、登録番号や消費税率などの記載が求められます。クラウドサービスを利用している場合、請求書の様式自体はサービス側で対応済みのことが多いものの、自社の登録番号の設定や、税率区分・消費税額の端数処理の設定は自社側での確認・設定が必要です。実際に発行される請求書が適格請求書の記載事項を満たしているか、出力サンプルで必ず突き合わせましょう。
自社独自のシステムを活用している場合は、請求書の様式変更が求められます。すでに述べたとおり、適格請求書で新たに必要となった記載項目は以下の3つです。これらを記載した請求書を発行できるように準備しましょう。
- 適格請求書発行事業者ごとに付けられた登録番号
- 適用税率
- 税率ごとに分けられた消費税額
インボイスの交付方法を検討する
インボイスの交付方法には、「紙媒体」と「電子データ」の2種類があります。特に、電子データで交付する適格請求書を「電子インボイス」と呼んでいます。近年は、クラウドサービスの拡充によって、電子化された請求書の発行が容易になりました。
また、国税関係書類を電子データで保存するための法律である「電子帳簿保存法」は、たび重なる改正で要件が見直され、利用しやすい制度になってきています。今後もデジタル化が進むと考えられるため、インボイス制度への対応を良い機会と捉え、請求書の電子化を検討するのも良いでしょう。
買い手として必要な請求書などの対応
インボイス制度導入における「買い手（仕入側）」の立場として、必要になる対応は主に2つです。
- 経理・発注システムなどの見直し
- 継続的な取引先に確認をとる
以下、詳しく解説します。
経理・発注システムなどの見直し
買い手の立場としては、仕入税額控除を行うために適格請求書の保存が必要です。また、適格請求書を発行できない免税事業者等と取引をした場合、原則として仕入税額控除ができません。ただし前述の経過措置により、2026年9月30日までは仕入税額相当額の80％、2026年10月1日から2028年9月30日までは70％を控除できます（その後も50％→30％と段階的に縮小し、2031年10月1日以後は原則として控除できません）。
実際に消費税の納付税額を計算する場合は、インボイスがある取引とない取引を区分してシステムに記録する必要があります。クラウドサービスを利用している場合も、取引先マスタへの登録番号の登録や、未登録の取引先のフラグ管理、経過措置用の税区分の設定は自社側の作業として残ります。自社システムで運用している場合は、あわせて改修作業が必要です。
あわせて、免税事業者等から受け取る請求書が、区分記載請求書と同様の記載事項を満たしているかも確認しておきましょう。前述のとおり、経過措置の適用にはこの要件を満たした請求書等の保存が必要です。様式が簡素な取引先には、事前に依頼しておくと安心です。
このうち、そもそもの請求書の受け取りと、登録番号の確認については、システム側に寄せられる部分があります。
その一つが、請求書受領クラウドの「TOKIUMインボイス」です。紙の郵送・メール添付のPDF・取引先システムからのダウンロード・FAXなど、経路の異なる請求書の受領と、オペレーターとAIによるデータ化に対応しています。請求書に記載された登録番号はデータ化されたうえで国税庁のAPIと照会され、事業者名や有効開始日とあわせて登録状況を確認できます。番号の有効性を1件ずつ調べて入力する手間がなくなるため、インボイス制度対応で発生する追加工数を抑えられます。
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継続的な取引先に確認をとる
継続して取引する相手先について、適格請求書発行事業者の登録を受けているか（予定があるか）を確認しておきましょう。未登録の取引先が残っている場合、控除できない部分は2026年10月以降、20％から30％に拡大します。負担が増えるぶん、取引条件の見直しを検討する場面が出てきます。
ただし、取引条件を見直すこと自体が直ちに問題になるわけではありません。問題となるのは見直しの進め方です。取引上の地位が相手方に優越している買い手が、再交渉を形式的に済ませ、自社の都合のみで「免税事業者が仕入れ時に支払っていた消費税額も払えないような」著しく低い価格を設定した場合は、独占禁止法上の優越的地位の濫用にあたります。
また、仕入先と明示的に協議せずに取引価格を据え置くことは優越的地位の濫用または取適法（製造委託等に係る中小受託事業者に対する代金の支払の遅延等の防止に関する法律。2026年1月1日施行）上の買いたたきとして、仕入先からの協議の要請に応じず一方的に据え置くことは取適法上の「協議に応じない一方的な代金決定」として、それぞれ問題となるおそれがあります（取適法が適用されるのは、製造委託・修理委託・情報成果物作成委託・役務提供委託・特定運送委託に該当する、委託事業者と中小受託事業者の取引です）。
取引先の選択自体は基本的に自由ですが、上記のような著しく低い価格の設定に応じない相手方との取引を停止した場合には、独占禁止法上問題となるおそれがあります。価格の見直しを行う場合は、双方が協議のうえ納得して合意することが前提です。出典：財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省｜免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A（令和8年1月30日改正）（最終確認日：2026年8月7日）
また、取引先のインボイス制度に対する理解が不十分な場合も考えられます。その場合は、制度の内容を共有したうえで、登録の予定を確認するとよいでしょう。免税事業者との適切な付き合い方に関しては、下記の記事をご覧ください。
インボイス制度はいつから？経過措置スケジュールまとめ
当記事では「インボイス制度はいつから開始？」という疑問をもとに、経過措置を含めたスケジュールの詳細について解説してきました。
まとめると、インボイス制度は2023年10月1日に施行されました。税務署長の登録を受けた「適格請求書発行事業者」が交付する適格請求書でなければ、買い手は原則として仕入税額控除ができません。免税事業者という区分そのものは今後も残ります。ただし登録を受けない限り適格請求書を交付できないため、その免税事業者と取引する買い手が仕入税額控除を受けられない、という形で影響が及びます。
インボイス制度の影響を大きく受けるのは、適格請求書を交付できない免税事業者等と、その取引先である買い手側の課税事業者です。買い手側には経過措置により一定割合の仕入税額控除が認められていますが、2026年10月1日から控除割合は80％から70％に縮小し、2031年10月1日以後は経過措置が終了します。
次のマイルストーンである2026年10月1日に向けて、買い手側は以下の3点を確認しておきましょう。
- 未登録の取引先の洗い出しと、取引先ごとの年間取引額の把握
- 締め日と課税仕入れの日がずれる取引先の特定と、80％分・70％分の分け方の決定
- 経理・発注システムで、控除割合70％に対応した税区分を追加
- 帳簿の記載文言（「80％控除対象」等）を70％に切り替える運用の確認
- 控除できない消費税相当額の増加見込み（20％→30％）の試算
インボイス制度への準備に関連して、システム対応の方法について気になる方は、以下の記事も併せてご確認ください。
本記事では、請求書支払いにおける受領～承認を電子化する3つのメリットを解説したPDF資料を無料配布しております。ミスなくゆとりある月次決算を目指している方は、下記よりご覧ください。
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